В начале 2003 года, когда командой руководил Анатолий Бышовец, Пепе прочно закрепил за собой роль игрока основного состава. Помимо центра обороны, Бышовец пробовал Пепе на позициях опорного и атакующего полузащитника, и даже нападающего, действующего из глубины.
Перед началом сезона-2003/2004 руководство «Маритиму» дало согласие на переход Пепе в «Спортинг», однако сделка в последний момент сорвалась из-за того, что лиссабонцев не устроили выдвинутые действующим клубом Пепе условия. В результате, защитник остался в «Маритиму» еще на один сезон, после которого перебрался в «Порту». Тогда за Пепе заплатили один миллион евро и отдали троих футболистов, не проходящих в основной состав. Кроме того, «Маритиму» был в праве получить 20% от суммы следующего трансфера Пепе.
В сезоне 2005/06, когда главный тренер клуба Ко Адриансе делал ставку на молодежь, Пепе стал одним из лучших защитников «Порту». Футболист провел 24 матча в национальном первенстве и вместе с клубом стал чемпионом Португалии, а также обладателем кубка и суперкубка страны. Тогда Пепе был ключевой фигурой в оборонительной линии «Порту», который при голландском тренере играл по схеме 3-4-3. Надежной и стабильной игрой защитник обратил на себя внимание скаутов ведущих клубов Европы.
После сезона 2006/2007, в котором Пепе сыграл 25 матчей и завоевал еще один чемпионский титул, руководство «Реала» сделало «Порту» предложение по поводу трансфера футболиста. В результате, Пепе подписал с мадридцами пятилетний контракт, а португальский клуб получил 30 миллионов евро.
Летом 2007 года Пепе принял португальское гражданство, а уже в конце августа сыграл свой первый матч за национальную сборную Португалии. Решение футболиста сменить гражданство не обошлось без критики со стороны представителей сборной Бразилии, которая не хотела терять классного защитника. Однако заставить Пепе, который до этого ни разу не вызывался в бразильскую команду, пересмотреть свое решение не удалось.
На Евро-2008 Пепе сыграл во всех матчах своей команды и даже отметился одним голом – в ворота сборной Турции.
