Первым профессиональным клубом Педро стал «Реал Мурсия», в котором он оказался в возрасте 17 лет. Габи Корреа, бывший игрок, а в то время тренер молодёжной команды «Мурсии» отмечал у молодого футболиста такое качество, как хорошее владение мячом.
15 января 2005 года Педро Леон дебютировал во втором дивизионе, выйдя на замену на 77-й минуте в гостевом матче против «Лериды». Всего в сезоне 2004/05 молодой футболист сыграл 7 матчей и запомнился болельщикам благодаря голу, забитому им в ворота принципиального соперника — клуба «Сьюдад де Мурсия». К сезону 2006/07 Педро закрепился в основном составе своего клуба.
В январе 2007 года был вызван Иньяки Саесом в молодёжную сборную Испании на товарищеский матч против англичан.
Летом 2007 года подписал контракт на сумму 2,5 миллиона евро с «Леванте». 1 сентября 2008 года подписал контракт на 4 сезона с «Вальядолидом».
25 марта 2009 года вновь был вызван в молодёжную сборную на товарищеский матч против Швеции.
26 августа 2009 года Педро Леон подписал пятилетний контракт с «Хетафе», где и проводит текущий сезон. По некоторым данным к полузащитнику проявляют интерес «Милан», «Тоттенхэм», «Манчестер Сити» и «Сток Сити».
В июле было объявлено, что новым клубом Педро Леона стал мадридский «Реал».
